SONY Readerで自炊データを利用する場合はChainLPでpdf形式に加工して転送すると快適に自炊電子書籍データを読むことが出来ます。
そのやり方とか比較のデータをまとめてみました。

スキャンして出来た1冊分のフォルダーに入ったjpegファイルを、ChainLP を使って余白の除去、傾きの補正、コントラストの調整等を行ってpdf形式のファイルを作成してSONY Readerに転送します。

※ ChainLPの最新版は http://no722.cocolog-nifty.com/blog/chainlp/ からダウンロード出来ます。

　(1) ChainLPをインストール（必要に応じて圧縮・解凍用のDLLもインストール）起動します。
　(2) まずは利用するデバイスの解像度を設定します。解像度から「 [W:584 H:754] Sony Reader 」を選びます。

　(3) PDF形式はSONY Readerの画面下部に現在ページが表示されるのでChainLPのノンブル転送機能をOFFにします。

　(4) ページ補正を「小説のみ」もしくは「小説優先」にします（ここは傾き補正の際に影響があります）
　　その下のノンブルをその本のページ番号の数字が印刷されている場所にあわせます（これでページ
　　番号部分の余白も除去出来て本文の文字が大きくなります）
　　好みに応じてガンマ補正と本文ボールド化の指定をします（SONY Readerでは両方指定してもいいか
　　もしれません）