高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う“保菌者”によって埋め尽くされてしまった…。蠢く大量の“保菌者”から逃げ切れるのか！？ 絶望的サバイバル、開幕！ 変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む！！ いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ！
「保菌者騒動」の最終段階に突入した世界。天宮螢と合流した晴輝達は最後の会議を開催、犯人と直接交渉し勝利する作戦を選択する。自宅に帰ってきた晴輝は母・渚と対峙、保菌者騒動の目的が「人類が死を克服し、新たな世界へ進むこと」だと伝えられた。動揺する晴輝をよそに、神父は「死を弄ぶことは神への冒とくだ」と渚を銃撃する！