巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。ライナー、ベルトルト、「獣の巨人」との戦いの末、多大な犠牲を払いながらもエレンの生家へ辿り着いた調査兵団。その地下室にて、彼らはグリシャが残した3冊の本を手にする。その本に記されていたのは、グリシャの幼き日の記憶。そして、およそ1800年前、一人の少女が巨人の力を手にしたことから始まる二つの民族の暗黒の歴史。明かされたグリシャの過去と突きつけられた世界の真実を前に、エレンら調査兵団の進む道は…。